На SK-iMX53-OEM V1.B был заменен чип физики Ethernet? как ни печально, но это так же потребовало небольших изменений в схеме материнской платы, т.к. сигналы подсветки имеют конфигурационные функции (управление внутренним стабилизатором ...), в следствии чего необходимо поменять полярность этих сигналов.
На отгружаемых материнских платах, мы сами вносим изменения, проблемы вогут возникнуть на старых или собственных "матерях".
Схема, как должна быть подключена индикация для V1/B

В скором времени будет анонс новой ревизии материнской платы, там это все будет отражено.
Извиняюсь за неудобство.