Я бы все-таки проверил вариант с увеличенным размером 1 партиции (эксперимента ради до 64М).
Еще вариант искать и собирать более свежую версию kobs-nv.
Ну и самое главное:
Я еще меньше понимаю, для чего вам требуется обновлять u-boot, когда достаточно обновлять только ядро и корневую ФС (из safe режима).
Можно и по другому поступить:
1) затираете первую партицию nand
2) при перезагрузке палата уходит на загрузку через USB
3) запускаете систему через USB и обновляете всю систему через MFG утилиту, к сожалению на imx53 у нас это частично реализовано (только старт, остальное с SD), но никаких ограничений нет - сейчас на imx6 платах так делается.
Как я понял - ребята простых путей не ищут, они сперва в корпус плату запихивают (отрубая все пути к восстановлению загрузчика), а потом начинают эксперименты с заменой загрузчика на свой доработаный, почему нельзя поменять порядок действий - остается загадкой :)
Действительно - после записи загрузчика через kobs-ng ревизии 11.09 nand читается с ошибками, но сама ФС остается целой (по крайней мере если туда ничего не записывать после прошивки загрузчика) https://community.freescale.com/thread/304760
1. Скопировал на uSD содержимое соответствующей папки в корень
2. Запускаю MFG - нажимаю Start - после вывода сообщения Doing kernel плата перезагружается и все по новой.
3. Размыкаю перемычку Nand CS - загружается через MFG Uboot и kernel.
Что дальше?
По мануалу обновление возможно только с виртуальной машины?