ОК. Заработало. Небольшая чехарда с тремя интерфейсами, но в общем работает.
Может кому поможет, оставлю для памяти:
С48 С49 -> 0.1 мкФ
R38 R39 -> 56 Ом, ставить перпендикулярно C34
C46 C47 снимать не решился, на всех схемах с RTL8111e они присутствуют, и с ними работает. Если появятся проблемы с сетью, буду иметь ввиду.
Еще видел рекомендацию поставить пуллап на PCIE_REFN и PCIE_REFP 470 Ом к 3.3В. Тоже не пробовал, отложил.