J1 - позволяет использовать питание шины USB для питания платы
J2,J3 - переключают USB линии контроллера на USB-A(host) и USB-B(device) разъемы
J4,J5 - используются при программировании контроллера через UART, подробности здесь, в рабочем состоянии лучше держать разомкнутыми (чтобы терминальная программа не могла влиять на плату)
J6 - позволяет подключать терминатор на CAN линию
J7 - CAN линия
J8 - позволяет подключить внешнюю батарею (для RTC ...)
J9 - позволяет подключить внешний источник опорного напряжения для ADC

J2 отвечает за Х3 ?
состояние 1-2 в J2 что делает ?

J2 и J3 просто переключают, на какой разъем (X3 или X4) пойдут линии USB