Попробуйте отключить линии аппаратного управление потоком - я мельком схемы посмотрел, помоему оно там не используется но эти пины конфликтуют с ISI. В файле arch/arm/mach-at91/board-sam9260ek.c найдите это (почти в самом начале файла);
Вам надо как-то отвязать video-plug от PIN_16, PIN_15 (это TX, RX UART0) потому что они заведены на самой плате на разъем к которому видеоплаг подключен и на видеоплаге эти контакты запаяны к adv7180, хоть и не используются но явно на них что-то выдается. Самое простое - на шлейфе соединительном обрезать их. Только смотрите не перепутайте, на плате и на видеоплаге помоему цифровые обозначения не совпадают.
Отвязал video-plug от PIN_16, PIN_15, загнул ножки на разъёме (проверил несколько раз что это именно те ноги), теперь виснет всегда при обращении к /dev/ttyS1.
И при включённом video-plug и при выключенном.
Вернул обратно.
Работает при выкл. плаге.
Вот засада...
Уважаемый sasamy, на мой плате есть ещё одна модификация. Если смотреть на схему разъёма плага, то там есть две ноги FIELD и VS. Для того что бы правильно грабилась картинка, для этой платы, необходимо завести FIELD в VS.
На разъёме я загнул ноги FIELD и VS, и проводом из ноги FIELD плага подал на VS платы (PIN_176 если смотреть на разъём в описании платы).
Просто я решил что Вы должны знать и об этой модификации, вдруг это поможет.