Вот пример инициализации и обработчик прерываний - в одной rtos использовал TC в качестве системного таймера, правда это для at91sam9260 но там вся разница помоему в том что в g45 все 6 таймеров на одном прерывании в AIC.
Я не знаю - возможно в Linux при инициализации процессора на начальной стадии сразу включается все периферия, но я бы на вашем месте на это не расчитывал и включил нужный клок при инициализации своего драйвера.
Нашел свой старый код - посмотрите там инициализацию, сам драйвер скорей всего нерабочий но инициализация там помоему правильная, в том числе есть пример как правильно клок на TC включить средствами ОС а не игрой с битами в регистрах :) http://sasamy.narod.ru/my_adc.c