День добрый, Павел!

Получил плату, на ней отсутствует кварц ZQ2, так и должно быть или это косяк?

У вас на фото он есть: http://starterkit.ru/html/images/products/sk_9g45_oem_mix.png

Так и должно быть, тактирование ethrnet PHY идет с процессора.
На первых ревизиях я этим не озадачивался, есть одна тонкость - после установления тактовой частоты чип физики нужно апаратно сбрасывать, обращайте на это внимание когда будете обновлять ядро и т.п.