Есть идея реализовать шину PCI на AT91SAM9G45(9260). Точнее miniPCI чтобы использовать модули от буков тех что постарее. Сам протокол не очень сложный вроде бы, правда в спецификации без пол литра не разобраться(даже на русском). Реализацию вижу в отдельном мосте PCI на шину EBI и рулить им как памятью + прерывания на GPIO. Сам мост на ПЛИС Xilinx. По идее он дожен стоять между процом и памятью но я думаю что без глобальных переделок в Linux сделать это не получиться. Конкретный интерфейс взаимодействия с ARM пока не продумывал, для него нужно знать как драйвер шины PCI взаимодействует с железом(в каком месте исходников хотябы) и от этого начинать думать. Сам в ядре разбираюсь не сильно, для меня их исходники не особо сильно читаемы, так что буду рад любой помощи

Как вариант можно через USB. На miniPCI разьеме присутствуют и линии USB. Так что нужно найти miniPCI модуль c USB поддержкой.

Другой вариант можно взять проц у которого есть PCI шина и есть порт Линукса для него. Возможно это будет не ARM архетектура.

Если miniPCI не самоцель, советую не тратить время - потратите тучу времени и все-равно будете с "замиранием сердца" наблюдать за работой системы ...
В ближайшей перспективе отладка SK-AM389X у которого miniPCIe на борту и на плате предусмотрен его разъем ...

Очень хочется узнать про SK-AM389X, посмотрел - отличные процы. Что у них будет из переферии на плате? и какая цена?

а цена?

Пока не известна.