Открывваете файл arch/arm/mach-at91/board-sam9260ek.c и смотрите в функцию либо ek_map_io(), либо ek_init_early(). Зависит от версии ядра. Смотрите для каких портов у вас делается at91_register_uart(). Коли не хватает - добавляете ещё, только внимательно смотрите по схеме под что пины UART-ов на плате используются.
Читайте Linux Serial Howto до полного просветления: http://tldp.org/HOWTO/Serial-HOWTO.html
Но вообще, после того как порт правильно сконфигурен, в него писать можно хоть с помощью echo из командной строки.