Столкнулся с ситуацией, когда нажатие кнопки ресета не приводило к перезапуску, при этом эзернетовская часть продолжала моргать лампочками.

Вылечилось выключением и включением питания. (Да, похоже что при этом еще перегорел UART2)

Как такое может быть и спасет ли в такой ситуации вотч-дог?

С некоторых пор пришлось убрать конденсатор 0.1мкФ по цепи сброса из-за крайне коротких импульсов генерируемых в Keil при программировании-отладке j-link, т.к. теперь механический дребезг ничем не скомпенсирован - возможно в этом дело (процессор может просто повиснуть).
Сгореть на самой плате от нажатия на reset точно ничего не могло.

Так вотч-дог может помочь в такой ситуации ?

Странная формулировка, как ватчдог (по сути таймер) может "помочь" нажать на кнопку ...

Кнопка генерирует сигнал "reset" и вотч-дог тоже генерирует "reset", хотя они по схеме идут разными путями

Если сигнал от кнопки не ресетит, что может быть с сигналом от вотч-дога?