MII/RMII не имеет CS сигналов (см. схемы подключения на других платах 9G45), можно активировать RESET сгнал для чипа физики - PD17.
Но, гораздо правильне будет послать команду POWERDOWN в сам чип физики.
Как сделать, вариантов тьма: раздраконить драйвер (вставив команду в ините PHY), наверняка ethtools имеет подобную команду ...