Выяснил, что с тем профилем для Mfg (файл ucl.xml) который идет на FTP стартеркита NAND никоим образом не меняет своего содержимого.
То есть нажимая Start на Mfg плата стартует с нашим новым ядром (если мы заменили файл uImage_safe или переименовали в профиле), однако это ядро пишется сразу в RAM и стартует оттуда же.
насколько помню - там по-другому сделано, после загрузки ядра через MFG идет загрузка имиджей по tftp и запись их в nand - вся разница в том что не по USB все передается :) удоней тем что не надо настраивать обмен винды с виртуалкой после сборки корневой или ядра, если тиражировать прошивку на много плат то наверно удобней все из профиля делать по USB, я например MFG вообще не пользуюсь - все можно и так сделать из u-boot.
Так у imx233 сделано.
На imx53 стартует mfg linux, который после старта запускает (если находит) скрипт с uSD карты и копирует с нее в nand все файлы (загрузчик, ядро, корневую ...).