Там много проектов. Создаю в NetBeans свой проект с их исходниками. Там есть пример работы с прерываниями
(проект getting-started-project-at91sam9260-ek).
В.: А как у них происходит обращение к портам, устройствам и т.д. по физическим адресам (без open("/dev/mem",...) / mmap(...) )? Или у них проект не для Linux? Может быть, ключ какой-то в Makefile есть?
если я правильно понимаю, речь о пакете примеров от атымела - насколько помню, там для автономной работы, т.е. без всяких mmap and Co..
т.о. можете хоть в хексе писать прямые адреса - никто по рукам не даст..