возможно я ошибаюсь, но судя по схеме, шить можно только через программатор
в теории, можно пины флешки для спартана прицепить на канал SPI АРМа, тогда АРМ "завесив" спартан, сможет быстренько перешить флешечку и отпустив лапку, заставить спартан загрузиться.. но это надо внимательно смотреть схему и читать доки на все камни, не забывая о разных напряжениях и режимах..