Формулировка "вместо SATA" не корректна, на модуле imx53 на этих пинах сидит SATA, у iMX6Solo нет SATA, а на эти пины модуля выведены PCIe RX и TX диф. пары.
Взять за основу эту схему, в ней есть не точность - С36,С37 не нужны (вместо их ставим 0Ом резисторы).
Сигнал PCIE_RXM идет на X6, PCIE_RXP - X3.
Какие модули в ядре нужно включить, точно не скажу (по моему, просто достаточно PCIe, ну и соотвественно драйвер того, что должно рвботать на шине) - сравнивайте конфиги OEM и SODIMM модулей (от ядра 3.10.17).
Вообще, PCIe у iMX6 штука довольно капризная, если будете тянуть проводами диф. пары - предварительно линейкой отмерьте длины проводов (чтоб были одинаковые).
GPIO выберите исходи из своей ситуации - какой у вас свободен, пример от материнской платы sodimm модуля, без сброса некоторые устройства могут не заработать а некотрые и со сбросом не заработают