На момент написания документации на материнскую плату, для модулей SK-iMX6S/D-SODIMM упустил один важный момент, в следствии чего потребовалось править исходники ядра для нормального отображения картинки:
Настройки видеовыхода/выходов передаются через аргументы запуска ядра, вот про них я и забыл, а по умолчанию выход настраивается LDB (LVDS), отсюда и возникли правки в настройках именно LDB а не LCD (что меня смущало).
В общем, ничего в исходниках править не нужно (в настройках LCD по умолчанию стоит как раз нужная полярность клока), нужно переключить видеовыход на LCD, например, прервать загрузку в u-boot и выполнить run vout_mode3.
Аргументы запуска ядра, после завершения отладки, лучше "железно вколотить" в само ядро, это делается через menuconfig ядра.