Если посмотреть внимательней схему - разъем-трансформатор не имеет конкретного партнамбера ("RJ8-45_mix_1"), это посадочное место под возможность устанавливать разные аналоги (пережиток былых времен), у которых анод-катод светодиодной подсветки не совпадал.
Кстати, в крайней ревизии материнской платы V1C (схема лежит на ФТП), есть изменения по этой части.
Тонкость в том, что чип физики Ethernet LAN8720 на пинах подсветки имеет конфигурационные параметры (из актуального - способ тактирования чипа), которые на разных модулях получаются разные (на одном модуле стоит свой кварц на 25МГц, на другом 50МГц c процессора идет) и если это не учитывать сеть может не работать на разных материнках.
Чтобы это исключить, позже на метринских платах стал предусматривать дополнительный джампер для разрыва этой линии (на самом модуле эта линия подтягивается к нужному режиму).
То, что нет реального партнамбера, я тоже отметил. Понимаю, откуда у вас взялась такая подпись, но тем, кто проектирует свои платы, это не облегчает жизнь - мы-то видим анод и катод светодиодов на своих разъёмах, и видим на чертеже подписи, похожие на анод и катод.
И тут, с одной стороны, понятно, что 3.3В должно быть на аноде, но если вспомнить как раз информацию про использование пинов подсветки для выставления режима на микросхеме PHY Ethernet, то становится уже не так очевидно, какая именно ошибка сделана
На процессорном модуле (SK-iMX6) установлен Ethernet приёмопередатчик (PHY). Его выходы LED1 и LED2 являются ещё и конфигурационными входами.
На SK-iMX6S/D - LED1 подтянут к GND, LED2 - к +3.3V. Это подключение обуславливает полярность управления светодиодами.
ETH_LED1[SODIMM-161](Link) имеет активный уровень HI и должен быть подключен к аноду светодиода "Link". ETH_LED2[SODIMM-163](Speed100Mbps) имеет активный LOW и подключается к катоду светодиода "Speed".