Есть плата на sam9g45. Как создать массив в linux-приложении чтобы он разместился:
1) во внутренней sram
2) в sdram

Отобразить физические адреса в адресном пространстве процесса

http://stackoverflow.com/questions/12040303/accessing-physical-address-from-user-space

только

1) внутренняя SRAM скорей всего используется драйверами в ядре

2) SDRAM которую будете использовать надо резервировать чтобы ядро этот регион памяти не использовало. Например

http://lxr.free-electrons.com/source/Documentation/devicetree/bindings/reserved-memory/reserved-memory.txt

или на старых ядрах

http://lxr.free-electrons.com/source/Documentation/kernel-parameters.txt#L2129

Если память занята драйверами, то как линукс отреагирует на попытку записи в занятую оюласть?

Странный вопрос - однозначно ничего хорошего не будет если вы начнете портить данные.