Здравствуйте Павел. Сообщите пожалуйста, для чего на плате распаяны PullDown-R40 и PullUp-R49 (11k) на линиях BusDA9 и BusDA11, влияют ли они на загрузку или др. функции устройства? Или же это исключительно для правильной работы какой-то периферии.

На нашей Host-плате эти пины (M20-CPU, M21-CPU) мы задействуем как дискретные входы, у нас там свои PullDown=10k. Если R40 мы можем просто снять как дублирующий или не устанавливать в этом месте свой, то BUS_DA9 Вы притянули к +3V3. Хочется знать, с какой целью, и можем ли мы безболезненно снять R49 и установить на этой линии PullDown=10k.

Все подтяжки на BUS_DAXX отвечают за конфигурацию источника загрузки и изменять их нельзя!
Кака вариант, если жизненно важно изменить уровень на одной из этих линий по умолчанию - тогда можно запрограммировать eFuse, см. здесь (второй пункт): http://starterkit.ru/html/index.php?name=forum&op=view&id=28161

если эти пины очень-очень нужны, то можно поставить маломощную релюшку с двумя перебросами..
тогда с цепей в сторону АРМа убираются все элементы, центральные контакты реле заводятся на АРМ, контакты НЗ подключаются к пуллапам/пуллдаунам для обеспечения штатной загрузки. после загрузки ядра через свободный gpio и ключ включить релюшку - уровни и направление на НР по вкусу..
профит..