Механизм программирования для первоначального варианта сборки (на основе ядра 3.0.35) и последющих "нормальных" вариантов сборок на основе Buildroot отличаются.
Так же за это время наложилось неоднократное обновление флешек и их "свойств", в следствии чего интегрированный в виртуальную машину метод программирования модулей не будет работать.
Скачайте с фтп архив Mass_eFuse_Burn.rar
Для записи результатов сборок на основе Buildroot (начиная с 3.10.17) нужно заменить rootfs.tar.gz и u-boot.imx (из папки output/images).
Обращаю внимание, штатно, архив КФС собирается без GZip, для включения GZip сжатия нужно включить эту опцию в make menuconfig.
Или можно отредактировать скрипт программирования ucl2.xml (это предпочтительней, т.к. сжатие ощутимо замедляет процесс записи):

Код

pipe tar -zx -C /mnt/mmcblk0p1" file="rootfs.tar.gz

Заменить на:

Код

pipe tar -x -C /mnt/mmcblk0p1" file="rootfs.tar