Тестируем продукцию в печке при температуре 50 градусов
При выключении и включении питания после нагревания большая часть модулей зависает не перезапускаясь. Модули Ind!! У них так рассчитано, чтоб охладились?

http://starterkit.ru/html/index.php?name=forum&op=view&id=29120
Если учесть, что imx6s ощутимо больше потребляет-греется, да еще если все это в корпусе закрытом, скорее всего процессор перегревается.
Озадачивайтесь теплоотводом.

Как оказалось Imx6 не причем.
После прогрева померли источники питания Com порта на нашей плате.
И стали создавать просадки на 5В.
Спасибо за ответы