Описание писалось для первой версии сборки и там он копировался, в более поздних версиях сборки он не копируется.
Но и из папки xfel этот скрипт никуда не делся, просто не обновляете (он с первой версии и не изменился) его и все.
Но если проявить "прыть" и заглянуть в файлик Boot\readme.txt обнаружите, что существует (появился позже и не отражен в текущем описании) другой способ программирования, без использования USB флешки - DFU, в нем обсуждаемый скрипт вообще не нужен.