Насчет загрузчиков, рассуждаете правильно вот линк по теме.
Насчет установленного Linux, даже если и сотрете, ничего страшного, все исходники и бинарнике есть на диске. Самбой конечно скопировать можно, подключаетесь к плате и сохраняете требуемый дамп флешки, хоть целиком.