При использовании FlashMagic или LPC2000 Flash utility, нужно замыкать J9,11, во время работы приложения их лучше размыкать (особенно в случае когда общаетесь с платой через терминалку).
Куда кнопки подключены, см. схему там все "написано", они подключены к GPIO, какими функциями наделять - ваше дело.
Какая скорость должна быть при подключении через COM порт? А то я пробовал на 9600 подключаться, и когда на индикаторе бегут цифры, у меня на вход порта валился мусор.
Потом некогда было разбираться дальше с определением скорости. Позже гляну.
115200,8,1, без контроля четности и без управления потоком.
Это именно на схеме - сразу под LPC и справа от Х8:
Можно - сложите в несколько слоев промокашку и воткните её между клавишей шифт и корпусом клавиатуры. Есть другой способ - купите редактор от Адобы и уберите ссылку из документа.