Вопрос следующего характера. Возникла проблема. При проектировании программ на VHDL и прошивке FPGA все работает. Но при создании микропроцессорной системы и прошивки программа не выполняется. Я давно имею дело с микропроцессорами на FPGA и проблем в проекте не должно быть. И такой еще вопрос на плате имеется да разъема JTAG, мне не понятно зачем.

Проблема была решена. Только остается вопрос про два порта JTAG. ЗАЧЕМ?

Ну а Вы посмотрите, куда они идут.

Еще один вопрос как я понимаю FPGA подключена к внешней шине ARM возможно ли мне с использованием микроконтроллера на FPGA настроить доступ к оперативной памяти ARM и флеш памяти.

Вез участия самого ARM-а вряд ли что получится.