Где описано что приложение будет грузиться с SD или с нанда?

Обратите внимание на исключение - шестой вектор. Он должен содержать правильный размер иначе нормального старта системы не произойдет. После сборки bootstrap от atmel он не содержит правильный размер - именно поэтому для записи его в dataflash через samba требуется специальный скрипт, который выбирается из выпадающего меню а не простая загрузка бинарного имиджа. Другой вариант - вручную в hex-редакторе исправить его на правильный (по смещение 0x14 от начала файла) размер файла.

sasa@sasa-laptop:~/atmel/bootstrap30sk/binaries$ du -b at91sam9g45ek-sdcardboot-3.0.bin
11845 at91sam9g45ek-sdcardboot-3.0.bin

что мне и где поменять чтобы getting-started-project-at9~0-ekes-at91sam9m10 начал грузиться с NAND бутстрапом

из bootstrap вам понадобится код инициализации внешней памяти для других проектов

http://www.starterkit.ru/html/index.php?name=forum&op=view&id=19779&last#19782

Цитата

из bootstrap вам понадобится код инициализации внешней памяти для других проектов

А как сделать так чтобы при компиляции размер файла в 0х14 сам прописывался?

#!/usr/bin/env python

import struct, sys

#print sys.argv[1]

fd = open(sys.argv[1], "r")

line = fd.read()
fd.close()

# print len(line)

vec = struct.pack("<I", len(line))

fd = open(sys.argv[1]+".fixboot", "w")
fd.write(line[0:20]+vec+line[24:])
fd.close()

cmp -l getting-started-project-at91sam9m10-ekes-at91sam9m10-sram.bin getting-started-project-at91sam9m10-ekes-at91sam9m10-sram.bin.fixboot | awk '{printf "%08X %02X %02X\n", $1-1, strtonum(0$2), strtonum(0$3)}'
00000014 FE 60
00000015 FF 1E
00000016 FF 00
00000017 EA 00

du -b getting-started-project-at91sam9m10-ekes-at91sam9m10-sram.bin.fixboot
7776 getting-started-project-at91sam9m10-ekes-at91sam9m10-sram.bin.fixboot