у меня мат палата вообще от imx6 так что точно сказать не смогу. На схеме SK-A40i-SODIMM V1.A PH7 выведен на 134 контакт X1, на схеме SK-A40i-SODIMM-MB V1.A 134 контакт X6 в который вставляется sodimm соответствует PH6 по её обозначениям и он идёт на X9 -> 11 контакт (а не на X9->5 он же PH7 как должно быть логически) вы это учитывали ?
судя по картинке вы припаялись на x9->5 который по обозначению MB PH7 но это не PH7 процессора. PH7 процессора на SK-A40i-SODIMM V1.A приходит на MB x9->11
Да, действительно не открывал схему на процессорный модуль именно v1a, а схема мат.платы составлена под проц.модуль v1b
После перепайки кнопки на пин 11 X9 gpiomon работает как ожидается.