Спасибо, это проделал, стало немного лучше, хотя ошибки сохранились. Но не ясно, почему в строку с номером прерывания прописан порт ttyS0, а порт ttyS3 не прописан, хотя прерывание вроде как работает. Выглядит таблица для двух этих портов так:
Видно, что порта ttyS3 просто не прописан, и в /proc/irq/122 ничего о нём нет в отличии от /proc/irq/84 для ttyS0. Возникает вопрос, а может ли какое-нибудь другое устройство влиять на настройки порта ttyS3, мешая его работе? Такое ощущение, что в работу порта что-то вмешивается. Или просто ошибка где-то в конфигурации ядра?
Естественно, 122 прерывание появляется после обращения к порту, это уже после такая таблица, иначе бы прерывания 122 не было бы вовсе, но наименования устройства при этом нет, впрочем как и на других портах (не ttyS0).