Не имею опыта в программировании процессоров, поэтому задаю скорее всего глупые вопросы. За что заранее извиняюсь.

Понял в общих чертах что делает данная программа.
но хотелось бы чтобы кто-то рассказал откуда берутся константные адреса для мапирования, где прочитать про значения записываемые в регистры, в каком мануале это все прописано. А это эта инициализация выглядит как филькина грамота, что-то делаем, а что не понятно.

Код

// WriteReg(0x63FDA090,1);//EIM_WCR
WriteReg(0x53FA8004,0xC<<17 | 0x10<<12 | 3<<3 | 3);//IOMUXC_GPR1

SMC0_Reg = my_map(0x63FDA000); //CS0 config
SMC0_Reg->CSXGCR1 = (1<<16 | 1<<20 | 3<<4 | 1<<3 | 7 | 1<<12 | 0<<14);
SMC0_Reg->CSXGCR2 = (0<<12 | 0);
SMC0_Reg->CSXRCR1 = (3<<24 | 0<<20 | 1<<16);
SMC0_Reg->CSXRCR2 = (0);
SMC0_Reg->CSXWCR1 = (3<<24 | 1<<18 | 2<<9);
SMC0_Reg->CSXWCR2 = (0);

Цитата

но хотелось бы чтобы кто-то рассказал откуда берутся константные адреса для мапирования, где прочитать про значения записываемые в регистры, в каком мануале это все прописано. А это эта инициализация выглядит как филькина грамота, что-то делаем, а что не понятно.

открываете схему на свою плату, смотрите как реализованно соединение между ФПГА и АРМом, потом тащите документацию на АРМ и ФПГА..
в доке на АРМ открываете раздел EIM и находите описание блока регистров, та же будут знакомые "константные" адреса..
смотрите не только раздел EIM, но и Clock Management..