Если включить плату без сетевого кабеля то u-boot не видит линка и далее в Linux сеть уже не работает. Оказалось все просто - не работает только потому что u-boot не прописывает MAC адрес. Проверьте что ifconfig из busybox собирается с поддержкой hw и до назначения ip адреса сделайте:
Вполне возможно если ядро научилось при инициализации Atmel MACB прописывать адрес.
Лучше конечно поковыряться и разобраться с загрузкой, в частности в каком порядке и какие стартовые скрипты запускаются. Найти где выставляется ip адрес на eth и прописать до этого момента. "Лучше день потерять, потом за 5 мин долететь" ;)
Сетевой интерфейс поднимается в /etc/rc.d/rc.s, там его и поправить.
Единственный момент, не стоит забывать, что HW адрес сетевого устройства должен быть уникален, актуально если пользуетесь несколькими моими платами в одной сети.