Xilinx обновил техпроцесс производства Spartan 3AN чипов, в результате чего их внутренние флешки перестали программироваться штатным средством - impact!!!
Клин ситуации в том, что ISE/WEBPack (в составе которого impact) перестал обновляться несколько лет назад, а новый софт Vivado не поддерживает старые чипы.
Для устранения этого, Xilinx опубликовал патч: https://www.xilinx.com/support/answers/59572.html
Суть которого сводится к копированию файла и созданию переменных окружения.

Цитата

1. Patch file located at C:\Xilinx\14.7\ISE_DS\ISE_XCN14003_patch\data\spi.acd
2. These environment variables set:
MYXILINX=C:\Xilinx\14.7\ISE_DS\ISE_XCN14003_patch
XILINX=C:\Xilinx\14.7\ISE_DS\ISE (or your ISE installation location, if different than the default installation path)

Я повторил у себя (Win10х64) - теперь работает.
Причем я устанавливал не целиком ISE 14.7 (или WEBPack), а только LabTools (только impact и chipscope).