Использую старый buildroot-2016.02-sk с ftp, модуль SK-NUC976.
Собираю файловую rootfs.jffs2 стандартным скриптом, прошиваю на плату как в инструкции, в файловой системе отсутствует каталог /usr/lib/ в rootfs.tar он присутствует.
скорей всего размер вашего образа больше чем размер раздела на nor flash, для корневой фс размер раздела 13 мегабайт. Проверьте размер вашего имиджа. Можно протестировать имидж на хост-системе перед записью
cd output/images
sudo modprobe mtdram total_size=13312 erase_size=64
sudo modprobe mtdblock
sudo dd if=rootfs.jffs2 of=/dev/mtdblock0
mkdir ./mnt
sudo mount -t jffs2 /dev/mtdblock0 ./mnt
ls ./mnt
sudo umount ./mnt