Отвечу сам себе. Заодно может кому пригодится. В линуксе я новичок, мой неподготовленный мозг не выдержал и часовой работы с консольной версией GDB. Укачало. Всё-таки начинать писать и отлаживать проги для линукса проще и удобнее в IDE нежели из-под терминала (один GDB чего стоит). Итак, чтобы получить нормальную интегрированную среду разработки я сделал следущее:
1. Поставил свежую Ubuntu 10.04
2. Сходил на сайт eclipse.org и выкачал Eclipse IDE for C/C++ Developers, (79 MB)
http://www.eclipse.org/downloads/packages/release/galileo/sr2
3. Распаковал эклипс в удобное место на винт. Запустил его.
4. В появившемся окошке указал папку куда складывать мои проекты.
5. Создал новый проект. File->New->C project-> Makefile project->Empty Project. Придумал креативное имя project1. Нажал кнопку Next. Затем Finish.
6. Прикрыл вкладку Welcome. Увидел свежесозданный проект project1.
7. С диска, который шёл в комплекте с платой распаковал содержимое архива SK-AT91SAM9-S3/SK-AT91SAM9XE512-S3E/Linux/arm-2007q1-10-arm-none-linux-gnueabi-i686-pc-linux-gnu.tar.gz в папку /usr/local/cross-gcc
8. Во вкладке Project Explorer выделил проект project1. В меню Project->Properties->Builders нажал кнопочку New, назвал ARM_BUILDER, указал бинарный файл сишного компилятора (/usr/local/cross-gcc/arm-2007q1/arm-none-linux-gnueabi/bin/gcc). Затем нажал Project->Properties->C/C++ General->Path and Symbols. Во вкладке Includes указал путь к заголовочным файлам. Пути по умолчанию потёр и заменил на /usr/local/cross-gcc/arm-2007q1/arm-none-linux-gnueabi/libc/usr/include.
9. Средствами Эклипса создал файлик main.c а-ля "hello world", написал Makefile. В мэйкфайле указывал ключ -g для добавления в выходной бинарник информации для отладчика GDB.
10. В пункте Project->Properties->Run/Debug Settings создал новую конфигурацию для отладки. Назвал её ioport_gdb_server, на вкладке Main указал отлаживаемый бинарник myproject, на вкладке Debugger - бинарник отладчика (/usr/local/cross-gcc/arm-2007q1/bin/arm-none-linux-gnueabi-gdb), там же указал, что GDB будет работать совместно с GDB сервером на плате, указал способ отладки - по сети, IP адрес (у меня 10.0.0.232), порт (23456).
11. Закинул GDB сервер на отлаживаемую плату из папки с Buildroot 6.8 в плату в папку /mnt/nand/gdbserver.
12. Написал скрипт copy_to_starterkit, копирующий свежесобранный бинарник моего приложения на плату в папку /mnt/nand:
#!/bin/bash
ftp -vnd "10.0.0.232" <<++
user "root" "123456"
cd /mnt/nand/
lcd [путь-к-бинарнику my_project]
put ./myproject
bye
13. И скрипт start_remote_debug, запускающий GDB сервер совместно с моим приложением:
#!/bin/bash
telnet "10.0.0.232" <<++
cd /mnt/nand
chmod 777 myproject
./gdbserver/gdbserver 10.0.0.232:23456 ./myproject
14. Оба скрипта прицепил к кнопке External Tools через выпадающее меню.
15. Нажимая кнопки Build, запуская скрипты copy_to_starterkit, start_remote_debug собираем своё приложение, копируем его в плату, запускаем отладку.