ну допустим.. тогда проведите еще эксперимент - в файле борды пропишите этот пин в класс "led-gpio" и контролируя осциллом, попробуйте порулить, например через echo
кстати, в момент инита пина при загрузке д.б. видно - есть конфликт или нет на этот пин..
что-то типа

Код

static struct gpio_led ek_leds[] = {
{ /* "bottom" led, green, userled1 to be defined */
.name = "test",
.gpio = AT91_PIN_PA28,
// .active_low = 1,
.default_trigger = "gpio",
},
};

потом

Код

echo 1 > /sys/class/leds/test/brightness
echo 0 > /sys/class/leds/test/brightness

Нашел источник сигнала
Действительно не надо было исходники править. Это не таймер, это тач скрин.
В кофиге был включен флажок: CONFIG_INPUT_TOUCHSCREEN
Спасибо за советы!