Пожалуйста, выложите документацию на V3.A.

В системе не появилось узлов, требующих отдельного описания.
1) заменена система питания - никакого отношения к ядру и т.п.
2) другой чип физики Ethernet - ядру нет особой разницы
3) увеличен объем памяти - это отражено в u-boot, который и передает ядру сколько памяти в системе

Дело в том, что из 7 gpio у меня инициализируются только4, и только 1 из них работает на вход. Хотя согласно документации к V2.9 всё должно быть в порядке. Есть небольшое подозрение, что пин для инициализации я расчитываю по неверной формуле(gpio_x_y=(x-1)* 32 +y). Если можете, поправьте меня.

Схема опубликованная в описании продукта - V3.B соответствует платам V3.A.
Распиновка разъемов расширения не изменялась (и не будет меняться).