Цитата

А вот ещё вопрос. Если я положим залил нормальную прошивку (NicheLite сервер) и jtag-адаптер присоединён, то программа не может выполняться. И даже резет не помогает.

поищите в настройках софтины для jtag-адаптера - может там есть пункт типа "освободить ресет после прошивки" или "запустить после прошивки" или "отключиться от таргета после прошивки"..
нормальный адаптер должен уметь полностью отключаться от таргета и не мешать ему работать..