Цитата

Запрограммировал его на связь с компом - вместо 1000 байт принимает 868, косяк может быть в нем или все же в моей программе?

вероятнее второе..
для проверки - соедините контакты 2 и 3 в DB9 - чтобы данные с кита после заворота приходили обратно на кит и терминалкой проверьте, что символы отображаются верно. на компе аналогично..
может у вас где-то с квитированием ошибка?

я успешно соединял разные комбинации (АРМ+АРМ. АРМ+atmega, АРМ+PC).. впрочем вроде на местном форуме была тема со схожей проблемой..