Если кто-то еще будет пользоваться этим патчем, имейте в виду, что он рассчитан на 64МБ ОЗУ и наличие NAND. В случае MAT91SAM9XXX надо внести соответствующие изменения.
Проблема глюков с переменными окружения решается просто - надо после применения патча откомментировать строку #define CONFIG_SKIP_RELOCATE_UBOOT в include/configs/at91sam9260ek.h.
И еще интересный момент. При сборке тулчейном codesourcery arm-2007q1 глючит usb, а при arm-2009q3 все отлично работает.