Цитата

Пробовал разные bootstrap от Атмел и с диска - всё одно.

Стал пробовать менять параметры инициализации в bootstrap(конкретно SDRAM).

Чудеса конечно всякие бывают по разным причинам, но вообще должно все работать если бутстрап собирается из исходников которые с платой шли. У меня есть только последний совет - попробуйте это

http://www.starterkit.ru/new/index.php?name=Forums&op=showtopic&id=225&pagenum=2#21

больше не знаю чем помочь...