Система безопасности банила пост ...
Описываемый выше эффект, небольшой аппаратный баг ("малой кровью" я не смог его устранить) - при интенсивной работе внешней шины, нарушается работа JTAG цепи. Для успешного конфигурирования достаточно держать процессор в "сбросе". Извиняюсь за неудобство.
AT45DB321 (конфигурационная флешка FPGA) "держит" 100000 циклов перезаписи.
Источником конфигурации заведуют джампера M0-M2 (J19-J21), их значения можете найти в документации на FPGA, для загрузки из AT45DB321 должна быть замкнута M0 (на конфигурирование через JTAG это не влияет).
Есть один момент при программировании конфигурационной DataFlash, во время программирования нужно держать джампер PRG замкнутым (чтоб сама FPGA не могла помешать процессу).