по хорошему надо либо включить pull-up (соотв. бит в соотв. PUER регистре)
Пробовал включать в At91BootStrap. Pullup включается.
Но после загрузки Linux RXD опять болтается.
Похоже, что конфигурация в режиме последовательного порта запрещает внутренние pullup. Хотя встречал в datasheet,
что они отключаются только для выходов ( например, TXD).
Пока проблема решена при помощи внешнего резистора.
pull-up'ы перепрограммируются каждым "хозяином"- bootstarp, uboot, kernel... ядро линукс тоже вступив в права перепрограммирует их под себя...
В линукс их можно включить в [kernel_src]/arch/arm/mach_at91/at91sam9260_devices.c
В строках типа:
"0" заменить на "1" это включит pull-up (~200 kOhm -> 3.3v) на этот пин.
и т.д. для всех нужных Вам USART...
Как вариант (у меня) в board-sam9260ek.c в ф-ции ek_map_io добавить at91_set_gpio_input(AT91_PIN_PB14, 1) - это включит pull-up. Хотя в *_devices поаккуратней будет...