Microblaze. Запускаю Ваш пример с тестом памяти. Терминал
115200 8N1. На терминале какие-то непонятные символы. Похоже на сообщения, но то ли скорость не соответствует,
то ли еще что-то.

Странно ... скоростные настройки правильные.
Каким RS232 преобразователем пользуетесь, тем что на плате (подклюая через джампера) или через SK-Ethernet-Plug?

тот что на плате, чтобы не было конфликта с LPC я ее стер.
может это как-то повлияло.

Просто стирать нельзя, т.к. начальный загрузчик, не найдя сигнатуру приложения во внутренней флешке не "отпустит" UART0, соответсвенно оба UART-а останутся в параллельном включении. То же самое будет, если оставить джампера J10,J11 замкнуты (терминальные программы, как правило, управляют DTR и RTS), при этом контроллер принудительно окажется в загрузчике.
Создайте проект для LPC2378 с пустым циклом и свободными IO.

Создал проект со свободным IO.
Теперь вообще ничего, и вдобавок HL3 светится вполнакала.

Прошивку спартана точно не меняли (может на SPI перключили ...)?
Т.к. смена яркости DONE указывает на это ...

менял, я залил прошивку с диска с примерами.

Вобщем, "откатитесь" назад, добейтесь вывода от спартана хотя бы чего-либо, потом внесите изменения в LPC2378.
Сейчас сказать точно в чем причина не могу (проверив последовательность у себя) т.к. пока не имею плат в наличии (все разошлись, а новые контроллеры пока в пути).

похоже дело в скорости передачи данных, сейчас экспериментировал с LPC. На 9600 все нормально на 115200
такая-же фигня, померил скорость оказалось примерно 117600
похоже для моей платы это многовато. Судя по всему с Microblaze было нечто подобное, т.к. выводилось нечто
похожее на сообщения.

Это может быть следствием округления/усечения (если вычисляется на макросах) делителя тактовой UART. Можно поднять тактовую для этого периферийного модуля или подставить вычисленное ближайшее значение.
Надеюсь, NicheLite выводит и принимает команды через терминалку (там как раз 115200)?